生化危机3：灭绝

「拉昆市核爆案」（病毒泄漏）的三年以后，昔日地球已面目全非，『T病毒』毁灭拉昆市之后在几个月内横扫了全球，地球上的大部分靠近沙漠的城市已再度被沙漠吞噬，而森林与河流也全部烧毁和干涸。地球大部分人口变成感染者，但也有一小部分人口组织起来继续在地球上生存，而制造病毒的罪魁祸首『保护伞公司』虽然全面崩盘，但公司在地底下建立的核心基地仍然继续运作，公司面对这场病毒危机也在继续他们的病毒实验，而公司却企图利用感染者进行驯化，即将创造一个感染者的世界。

艾莉丝 (恶灵古堡)|艾莉丝，保护伞公司最为关键的实验对象，在三年前的拉昆市事件后被卡洛斯·奥利维拉等人从『保护伞公司底特律总部』救出，但没过多久为了不带来杀生之祸就与众人分开，也为了躲避保护伞的卫星在居住在内华达沙漠的盐湖城内，途中收到假的求救讯号误入小木屋，被盗匪软禁及搜刮全身可用之物，并被要求与之所饲养的殭尸犬进行格斗。三年后，艾莉丝在T病毒扩散全球后再度逃离，也骑着摩托车进行逃亡。同时，一组由克蕾儿·雷德菲尔与昔日的卡洛斯组成的倖存者车队也在沙漠里，在搜索城市时顺便寻找食物和水源，包括倖存者。有一部分拥有的组员是拉昆市的倖存者，另一部分则是半路得救的人，电脑专家米克不停利用无线电呼唤倖存者，但艾莉丝却始终不回应，并在一座加油站里找到一本关于『阿拉斯加隔离区』的书。

保护伞公司一级科学家亚历山大·艾萨克为了得到当初与凯恩少校一起研究的艾莉丝而在保护伞公司隐藏在内华达沙漠地下的『北美总部』花费了三年的精力去寻找，为了以防万一而利用以艾莉丝的血液培育的复制体进行测试。但因为迟迟没有任何结果而遭到保护伞公司行政主席亚伯·威斯卡的质疑，甚至筹备已久的「感染者驯化计划」也以失败告终，于是在恼羞成怒之下发明了另外一个计划。

克蕾儿等人来到一座废弃的汽车旅馆，而L.J.进去旅馆搜索时被一名感染者咬伤，也在最后隐瞒自己的伤势。众人在旅馆里住了一晚，却在第二天遭到被感染的鸟群的猛烈攻击，几名留在校车里进行救援的人全被活活咬死。而卡洛斯为了帮助一个人而将被火舌吞噬之际，但却被赶到的艾莉丝所救。艾莉丝开启了超能力磁场杀死所有的鸟，也因为使用能力过度而晕倒，但力量却被艾萨克的卫星接收到。

当艾莉丝醒来后，发现倖存者凯-玛特坐在自己目前，此时车队所有人正在为所有死难者哀悼，卡洛斯也再度与艾莉丝相遇，但艾莉丝却发现保护伞的卫星已经追踪到她。艾萨克发现追踪对象与实体有着百分之六十二的相似度，于是立刻将此事汇报给威斯卡，但威斯卡却打算要百分之百，也命令艾萨克不准私自行动。

沙漠车队的众人得到艾莉丝的阿拉斯加隔离区的情报后无法相信，而克蕾儿也不打算冒险，但卡洛斯为了提升车队的士气而决定接受。随着众人的同意后决定前往阿拉斯加，但也在夜晚发现食物和汽油已经耗尽，因此众人决定在前往阿拉斯加前先到着名的赌城拉斯维加斯拿取补给品。此时艾萨克利用事先录下的威斯卡的声音派出保护伞公司的实验部队，也在离开基地时将一个货箱搬离。

第二天，众人将校车丢下后离开旅馆朝拉斯维加斯进发，到达后发现城市已全被沙漠覆盖，但进入城市后发现前往汽油的路被货箱挡住，因此决定利用拖行，但艾萨克却将货箱打开，将封存在货箱里的变种感染者放了出来。虽然艾莉丝、卡洛斯和克蕾儿都尽全力抢救，但大部分倖存者全部被感染者吃掉，其中包括电脑专家米克及狙击手切尔西，而L.J.也因为感染时间过久而变成感染者袭击凯-玛特，虽然最终被卡洛斯枪杀，但卡洛斯也付出再度被感染的代价（被咬到）。

艾莉丝在杀感染者时被艾萨克利用卫星关闭，但卫星的主机却因为艾莉丝的反馈信号而遭到损毁，艾莉丝脱离后立刻跑到艾萨克的藏身处，并将所有的实验部队歼灭，而艾萨克在坐直升机逃跑时被一名变种感染者咬到，因此立刻回基地注射解药，艾莉丝便利用藏身处的电脑查看直升机的路线。艾萨克一回基地立刻注射了衔尾蛇病毒，但北美总部负责人却为了以防万一而将艾萨克开枪打死，未料倒在地上的艾萨克的尸体却重新站了起来，并在病毒副作用发作的情况下将总部里的人屠杀殆尽。

几小时后，艾莉丝等人找到北美总部所在地，却发现总部已被一大群感染者包围，被感染的卡洛斯发现自己已无希望，故打算利用自杀式袭击的方式开一条血路。与众人分别后，他开着汽油车直接冲向感染者群体，也在翻车时将炸药点燃，抽完全宇宙最爽的最后一口菸后，伴随所有感染者一起炸成碎片。艾莉丝等人在炸弹爆炸后直接冲进总部大门，众人试图利用保护伞的直升机逃离，但艾莉丝却选择留下。她在分开之时将隔离区的书留给凯-玛特，而克蕾儿与艾莉丝道别后便驾驶直升机将所有人带离。

艾莉丝在总部外侧发现满坑满谷自己死去的复制体，在愤怒之下冲进房子里发现空无一物，此时一辆电梯突然从地底升起，而艾莉丝也抵达位于地底的北美总部内部，但却意外遇到总部的人工智能「白皇-{后}-」（红-{后}-的妹妹）。白皇后告知艾萨克的变异，但也意外地向艾莉丝透漏她的血液是拯救这场病毒危机的关键，她可以利用总部里的实验器材进行研究，但仍要面对最终的问题：已成为变种生物的艾萨克。

艾莉丝进入总部的底层去杀死艾萨克，但艾莉丝却意外发现自己的其中一个复制体，复制体也在艾萨克攻击时掉落。艾莉丝随后发现自己竟然进入昔日的拉昆市宅邸里（蜂巢入口），艾萨克也同时利用触手进行攻击。艾莉丝即使利用磁场也毫无作用，后被艾萨克打进一条长廊之中。艾萨克进入长廊后对艾莉丝表示：「自己就是未来」，但却引得艾莉丝冷笑道：「你只不过是又一个混蛋。而且我们两个将死在这里。」艾萨克陡然发现自己与艾莉丝正位于当初蜂巢的激光长廊，尚未反应过来时就被激光削成碎片，而在艾莉丝也将被削成碎片之际，清醒的复制体停止了激光。

十小时后，保护伞公司的所有负责人在日本东京地底下的『保护伞公司东京总部』里讨论北美总部失联的问题，但艾莉丝却亲自打过去表明她一定会去找他们，同时，也会带上自己的一些朋友。