最终幻想：灵魂深处

电影设定于被外星生命Phantom入侵的第2065年的星球。和Phantom物理接触的生命会因耗尽盖亚假说|盖亚灵魂而死亡，不过轻微接触可能只会感染。幸存的人类居住在由能量屏障保护的“屏障都市”，为解放星球而持续斗争。阿琪·罗斯（温明娜饰）在一次实验受到Phantom感染后，她和导师希德博士（唐纳德·萨瑟兰饰）发现，收集八个特征灵魂并结合起来，可以消灭幽灵。正当阿琪因在纽约城废墟寻找第六个灵魂而被Phantoms围困时，格雷·爱德华兹（艾力·宝云饰）和他的小分队“Deep Eyes”——成员包括瑞安·惠特克（文·雷姆斯饰）、尼尔·弗莱明（史蒂夫·布西密饰）和 简·普劳德富（佩里·吉尔平饰）——将其救出。据称格雷和阿琪曾有一段恋情。

回到屏障都市后，阿琪陪同希德，以及主张使用强力宙斯空间炮摧毁Phantom的将军海恩（詹姆斯·伍兹饰），一同面见领导委员会。阿琪主张开炮会伤害星球盖亚，同时通过展示自己的灵魂感染因所收集特征灵魂而稳定，成功说服委员会另寻他法消灭Phantom。但海恩错误坚信这正表示阿琪受Phantom控制。就在阿琪和Deep Eyes成功找到第七灵魂时，她的感染恶化并陷入昏迷。阿琪梦见Phantom都是死去外星人的灵魂，它们随毁灭星球的碎片到达了星球。希德用阿琪带来的第七灵魂重新控制感染，阿琪醒了过来。

海恩希望让委员会恐惧而授权发射宙斯炮，调低了城市部分保护屏障的强度。虽然海恩只打算放入少量Phantom，但它的计划出错，大量Phantoms侵占了整个城市。阿琪、希德和Deep Eyes逃往阿琪的飞空艇，但瑞安、尼尔和简在途中都被Phantom所杀。希德发现，第八灵魂在外星陨石撞击星球的陨石坑处。而海恩逃往宙斯空间站，并终于获得开炮的许可。

希德发现第八灵魂位于外星小行星撞击星球的火山口。他载有阿琪和格雷的屏障车降入火山口深处。就在二人眼看到达之时，海恩的宙斯炮击中火山口，不但摧毁了第八灵魂，还暴露了盖亚假说|盖亚。阿琪获得Phantom母星的幻视，并借此从外星粒子中找到了第八灵魂。阿琪在醒来后，和格雷将之与其他七个灵魂结合起来。海恩无视过热警报继续发射宙斯炮，最终和炮一起毁灭。因灵魂融入外星盖亚需要物理媒介，格雷选择牺牲了自己成为媒介。随着幽灵升入太空，盖亚恢复正常，星球终于和平。从火山口内被牵引出来的阿琪，抓着格雷的身体，望向刚解放后的世界。