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== 情节 ==
故事以玲音的同学四方田千砂的自杀开始。在她自杀后，玲音的同学陆续收到千砂的电子邮件，同学普遍认为这是恶作剧。但玲音并不相信并决定自己调查。她使用个人电脑（或称“Navi”，以概念命名），并收到千砂的电子邮件。千砂在其中说她抛弃肉体，生活在「连线」（Wired，本作中类似互联网的技术）中。玲音因此开始探索「连线」。而后她通过一系列事件逐渐领悟到，她自己是一个无所不在全知全能的存在。

玲音慢慢地发现了真相。橘总研究所的研究员英利政美基于莫提·李瑞的“Eight Circuit Model of Consciousness”，并应用舒曼波|舒曼共振现象开发出“第7代协议”，以此收集集体无意识。他由此发现了成为「连线」中神的方法。

将意识传输到「连线」上，并毁灭自己的肉体，他实现了不朽。为了维持他作为神的存在，他在连线上创造了玲音，以及黑客组织“东方演算骑士团”（The Knights of the Eastern Calculus”，对现实中的Λ演算骑士团的谐仿）。

在将玲音从连线上的软件变为现实中的小女孩后，英利开始了由橘总研究所主持的“系列试验”。但后来由于玲音对于英利逐渐失望，让所有“Knights”成员被杀，消灭了英利的“信徒”，破坏了英利作为神的地位。但英利告诉玲音，她是他唯一的信徒。

在剧情末尾，当英利破坏玲音与好友爱丽丝的相处，玲音告诉英利用舒曼共振来完成第7协议并不是英利一个人的成就，英利只不过是个“代理的”神，不是真的，仅是自己宣称的。这一揭露让英利勃然大怒。英利最终想凭空凝聚出肉体消灭玲音，但以失败告终，英利也死去。这导致爱丽丝的极度恐惧，玲音决定消去世界上一切关于她的记忆，为了安慰爱丽丝。玲音说：“如果没有人知道，就没有发生过。”

不过在这之后的世界中，英利还活着，这是一个没有解释清楚的地方。不过如果说片中描写的罗斯威尔飞碟坠毁事件|罗斯威尔飞碟事件的起因是集体潜意识对的未来幻想，这可以解释英利的未死：在新的世界中，集体无意识|集体潜意识的情况被玲音改变了。

本片另一个特点就是，主角玲音持续不断的自我审视，特别是在遇见连线上的玲音时。比如玲音会有这样的独白（对白）：“我是谁？”“你是谁”“我就是我！”“只有一个我！”“你不是我！”她一直在求证她自己到底是什么，普通的女孩，还是别的。在结尾，她选择了成为类似于神的存在。